Choć może nie być to oczywiste, coraz więcej badań naukowych wskazuje, że zaburzenia nastroju, zaburzenia lękowe, a także depresja mogą mieć związek ze stanem jelit, a dokładniej z mikrobiotą jelitową. Mikrobiota jelitowa to nic innego jak wszystkie mikroorganizmy, które bytują w przewodzie pokarmowym człowieka. Głównie są to bakterie, ale też grzyby, wirusy, archeony.

Badania donoszą, że mikrobiota jelitowa osób z rozpoznaną depresją charakteryzuje się mniejszą różnorodnością i liczebnością. Jest także dużo uboższa w bakterie ochronne z rodzaju Bifidobacterium. W niektórych badaniach naukowych zauważalne są też dysproporcje pomiędzy konkretnymi grupami bakterii, np. Firmicutes, których jest więcej względem Bacteroidetes.