Der Sender sieht seine Wurzeln in einer Szene freier Printmedien, die sich in den 70-er Jahren in Vorarlberg mit verschiedenen Publikationen etablierte. Im Umfeld mehrerer Piratensender wie Radio Gsoberg, Radio Lästig oder Radio Mikrowelle, die vor der offiziellen Einführung des privaten Rundfunks durch den „Meinungsverfolgungsapparat“ öffentlicher Behörden niedergeschlagen wurden, gründete sich der Verein zur Förderung der Medienvielfalt als Trägerverein für freie Medien in Vorarlberg. Nachdem der Verein bei der ersten Lizenzvergabe nicht zum Zuge kam und sich einer Verfassungsklage gegen das österreichische Regionalradiogesetz (RRG) anschloss, wurden 1996 erneut Frequenzen ausgeschrieben. Den Zuschlag erhielt im Dezember 1997 der Dachverband der Vorarlberger Kommunikations- und Freizeitzentren für das Versorgungsgebiet Bludenz (104,6 MHz).
Während aufgrund fehlender Finanzierungsmöglichkeiten und wegfallender Räumlichkeiten zwischenzeitlich sogar der Trägerverein zerbrach, fanden andererseits regelmäßige „Radiositzungen“ statt. Mit Unterstützung der Bregenzer Lokalradio GmbH und des VFRÖ (Verband freier Radios in Österreich)wurde im März 1999 eine Kooperation mit 95,9 Music-Radio geschlossen. Der Sendestart erfolgte einen Tag später am 1.April 1999 in völliger Abhängigkeit vom Bregenzer Lokalradio. Aus diesem Studio wurden die in privaten Räumlichkeiten vorbereiteten Beiträge gesendet.
Im Juni desselben Jahres wurde ein Produktionsstudio in Dornbirn bezogen, seit Oktober 1999 werden Livesendungen von dort ausgestrahlt.
Mittlerweile ist Proton im TIK (Theater im Kopfbau) in Dornbirn beheimatet, sendet von dort aus ein 24 Stunden Vollprogramm und betreibt zwei Außenstudios in Bludenz und Hohenems. Großes Ziel ist die Ausweitung des Sendegebiets auf ganz Vorarlberg.
Einige der Sendungsmacher_innen stellen stellvertretend für all ihre Kollegen ihre Sendungen vor, der Obmann und die Mitarbeiter kommen ebenfalls zu Wort. Und einige Soundpotpourris lassen den Hörer in die vielfältige Klangwelt von Proton eintauchen.